Есть способ перехитрить программу
У нее есть опция - проверять не папку Downloads, а любую другую ("alternate path"). Я делала так: открывала свою Downloads и копировала из нее небольшой кусок файлов (например, все файлы на букву A-C) в отдельную папку на другом диске, затем запускала программу и работала ей с этой моей временной папкой, а после чистки стирала из Downloads выделенный кусок файлов и заменяла его новым, почищенным. И так постепенно все файлы перебирала.